随着制药工业的快速发展，制药废水的污染治理问题越来越严峻。制药废水属于难处理的工业废水之一，其因药物种类不同、生产工艺不同，其具有成分差异大，组分复杂，制药废水大多数具有有机物浓度高、色度高、含难降解和对微生物有毒性的物质、水质成分复杂、可生化性差等特点。而且药厂的废水通常为间歇排放，产品的种类和数量变化较大，导致废水的水质、水量及污染物的种类变化较大，给治理带来了极大的困难。一般传统的污废水处理工艺已不能满足当今社会对制药废水的处理要求。
常见的处理这种高浓度有机废水的方法有:
溶剂萃取法、吸附法、生物法、膜分离法、氧化法、焚烧法；
化学合成制药废水生物毒性大、可生化性差，属高浓度难降解有机废水 ，通常可以考虑采用高级氧化-铁碳微电解-ABR—UBF-好氧工艺进行处理，工程实践表明，该工艺处理效果稳定可靠，出水COD在300mg/L以下，出水水质完全达到污水综合排放标准(GB8978—1996)中二级排放标准.
制药废水一般都含有抗生素等多种抑制微生物生长的物质，如果水量不大，建议使用物化法就好了，比如气浮、芬顿、絮凝沉淀、过滤、反渗透、电渗析、离子交换法等，但水量比较大的话，使用物化法成本高。
既然抗生素会影响钉生物的生长，预处理可以选用蒸发系统、絮凝沉淀、过滤、气浮、芬顿、预酸化等工艺或组合工艺，控制抗生素进入系统的浓度，后续生化处理系统选用厌氧+好氧处理系统即可，厌氧可选用IC反应器、UASB反应器、MBR反应器等，好氧可选用CASS、SBR或接触氧化等，如果经过这套系统还不能达到出水达标的目的，在好氧出水后还可以加装一套深度处理系统，一般是芬顿+气浮。
